GNSS/ INS組合導航系統體系結構的不同主要表現在三個方面：對慣性導航參數如何校正；使用什么類型的GNSS測量；INS和組合導航算法如何輔助GNSS用戶設備。根據組合結構的不同，通常將GNSS/ INS組合導航系統分類如下：

組合GNSS和INS最簡單的方法是非耦合（uncoupled）系統，這里GNSS只是簡單地以一定的時間間隔，重置慣性導航參數。已安裝INS的飛機進行GPS改造時，常采用這種結構。嚴格來說，非耦合系統并不是真正意義上的組合。

松耦合（loosely coupled）GNSS/ INS組合導航系統，使用GNSS位置和速度作為組合算法的測量輸入，這是位置域的組合。

緊耦合（tightly coupled）GNSS/ INS組合導航系統，使用GNSS偽距和偽距率、偽距增量或者ADR測量作為組合算法的輸入，這是距離域的組合。

深耦合（deeply coupled）GNSS/ INS組合導航系統，將GNSS/ INS組合和GNSS信號跟蹤合并為單個估計算法。這種組合采用GNSS相關通道中的I和Q信號作為測量，生成用于控制GNSS接收機中參考碼和載波的NCO命令，這是跟蹤域的組合。

超緊耦合（ultratightly coupled，UTC）這一術語通常用來描述帶有GNSS跟蹤環輔助的跟蹤域和距離域的組合，而緊密耦合（closely coupled）這一術語用于位置域和距離域的組合。